足寄から32キロ、大雪山系から流れるヌカナン川の川辺に湧くのが芽登温泉である。キタキツネやエゾシカの遊ぶ広葉樹林に囲まれ、エゾモモンガやシマリスなどの哺乳類にクマゲラやエゾライチョウなどの鳥類も観察できる。夜にはシマフクロウの鳴き声が響きわたる大自然の中の一軒宿である。
明治37年の開業以来、60度のお湯が自然湧出しつづけ、毎分230ℓも湯船に引湯されている天然掛け流しの温泉である。泉質は、北海道一とも言われる良質のアルカリ性。川べりの露天風呂に身を沈め、木々のざわめきと渓流のせせらぎに耳を傾け満天の星空を仰ぐ。春の新緑、秋の紅葉、マイナス２０度以下となる冬には温泉蒸気がびっしりと張り付く樹氷と四季折々の眺めは格別で、秘湯好みにはまさに至福のひと時である。
平成27年4月に露天風呂『巨岩の湯』が新設された。湯浴み着を着ての混浴や貸切利用などが好評である。夜間、ライトアップされた川岸には自然湧出の湯を飲みに来るエゾシカなども湯船から観察できる。